Mayojen historia jaetaan kolmeen kauteen: esiklassiseen, klassiseen ja jälkiklassiseen.
Mayat ovat asuneet nykyisen Meksikon Chiapasin ja Guatemalan Jukatanin niemimaalla 1000-luvulta eaa. lähtien. Mayojen varhaisista vaiheista tiedetään vain vähän, eikä osata sanoa syntyikö mayojen sivistys olmeekeilta saaduista vaikutteista. Mayat loivat Väli-Amerikkaan esiklassisella kaudella vuosina 1000 eaa. – 300 jaa. korkeakulttuurin, joka vaikutti voimakkaasti useisiin heitä seuranneisiin kulttuureihin, mm. tolteekkeihin. Tällä kaudella rakennettiin jo ensimmäiset monumentaaliset temppelirakennukset. Mayat kehittivät tuolloin myös tähtitieteen ja ajanlaskun korkealle tasolle sekä loivat kuvakirjoituksen. Esiklassisen ajan tärkein keskus oli Uaxactúnin kaupunki[1].
Mayakulttuurin klassinen kausi ajoittuu vuosille 300–900. Tällä ajalla mayat rakensivat yli neljäkymmentä kaupunkia, joissa oli suuria rakennuksia. Kaikki kaupungit olivat itsenäisiä kaupunkivaltioita, eivätkä ne yhtenäisestä kulttuuristaan huolimatta muodostaneet pysyvää valtioliittoa. Klassisen kauden tunnetuin keskus oli Tikal. Useimmat klassiset maya kaupungit tuhoutuivat jo 800-luvulla. Syitä ovat saattaneet olla kuivuus[2], alituiset sisällissodat, maaperän köyhtyminen tai kulkutaudeista johtunut väestön romahdus.[1]
Mayat alkoivat 900-luvulla rakentaa uusia kaupunkeja Jukatanin niemimaan pohjoisosiin. Tällöin ja jo aiemminkin näkyi Putunin mayojen leviäminen ja Puuc-tyyli. Keskeiseen asemaan kohosi itzá-heimo, jonka pääkaupunki Chichén Itzá oli jälkiklassisen kauden huomattavin keskus. Muita merkittäviä kaupunkeja olivat Uxmal ja Mayapán. Nämä kaupungit olivat pitkään liitossa keskenään, mutta alkoivat myöhemmin kamppailla toisiaan vastaan, jolloin nouseva tolteekkien kulttuuri käytti epäsopua hyväkseen laajentaen valtaansa mayojen alueille.[1]